Đánh giá đa dạng di truyền các quần thể tôm sú bố mẹ (Penaeus monodon) và nguồn vật liệu ban đầu cho chương trình chọn giống theo tính trạng tăng trưởng

29 0,638
W4 0,676 0,708 0,748 0,732
W3 0,512 0,398 0,472 0,509
N1 0,661 0,640 0,667 0,651
N2 0,665 0,640 0,649 0,647
W9 0,514 0,511 0,511 0,504
0,645±0,067 0,599±0,081 0,649±0,077 0,640±0,07
10 TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
Đa dạng kiểu gien (Genotype diversity)
Số kiểu gien trung bình của cả bốn nhóm 
mẫu tương đối đồng đều 4,5 – 5 kiểu gien so với 
giá trị kiểu gien mong đợi là 7,2. Ba trong số bốn 
nhóm mẫu tôm bố mẹ có đến 5 cặp mồi có kiểu 
gien có số lượng cá thể mang gien dị hợp tử > 
50%: nhóm mẫu Ấn Độ Dương, Nội địa và Gia 
hoá nhập nội. Tuy nhiên, giá trị trung bình của đa 
dạng kiểu gien của nhóm Thái Bình Dương là cao 
nhất. Trong kết quả, có ghi nhận về sự suy giảm 
số kiểu gien, điều này có thể xem xét thêm khả 
năng mất kiểu gien do quá trình phân tích chưa 
đạt được khả năng phân ly sản phẩm khuếch đại 
cao nên làm mất đi một số alen. 
Sự sai khác di truyền 
Sự sai khác di truyền giữa các quần đàn 
mẫu được ước lượng theo giá trị FST. Theo Nei 
(1978), F
ST 
nếu < 0,05 được cho là sai khác 
nhỏ; 0,05<FST<0,15: là giá trị sai khác trung 
bình, FST>0,15 là sai khác lớn. FST cung cấp 
những hiểu biết quan trọng vào quá trình tiến 
hóa tác động đến cấu trúc di truyền bên trong 
và giữa các quần thể với nhau. Sự khác biệt 
di truyền chung cho các quần đàn mẫu trong 
trường hợp này tương đối thấp biến động trong 
giá trị 0,05.
Bảng 4. Thông tin về sai khác di truyền của 4 nhóm mẫu tôm sú bố mẹ
FST/Pvalue Pop A Pop G Pop T Pop N
Pop A 0 0,0555/0,00833* 0,0048/0,3833NS 0,0172/0,1916NS
Pop G 0,0555 0 0,0494/0,00833* 0,0488/0,00833*
Pop T 0,0048 0,0494 0 0,0164/0,1333NS
Pop N 0,0172 0,0488 0,0164 0
*: Mức ý nghĩa sau khi hiệu chuẩn với Bonferroni p < 0,00833, NS: không khác biệt có ý nghĩa.
Theo kết quả này, nhóm mẫu Gia hoá có sự 
sai khác di truyền có mức ý nghĩa (p < 0,00833) 
với các nhóm mẫu còn lại, cụ thể là nhóm Gia 
hoá có mức độ sai khác di truyền 5,6% so với 
nhóm Ấn Độ Dương; 4,9% so với nhóm Thái 
Bình Dương và 4,8% so với nhóm còn lại, tôm 
nội địa. Tuy nhiên sự sai khác này là không lớn 
FST< 0,05. 
3.3. Khảo sát đa dạng di truyền của vật 
liệu ban đầu G0 - 16 tổ hợp tôm sú đàn con 
Đa dạng gien hay biến động hệ số dị hợp 
tử mong đợi (Gene diversity) 
Đa dạng di truyền của 16 nhóm tôm sú 
đàn con từ 4 nhóm mẫu tôm sú bố mẹ ban 
đầu được phân tích tương tự như ở phân tích 
của 4 nhóm mẫu tôm sú bố mẹ. Kết quả ghi 
nhận về các giá trị về đa dạng gien, đa dạng 
kiểu gien và sai khác di truyền của 16 tổ hợp 
tôm sú đàn con được ghi nhận trên các thông 
tin sau:
11TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
Bảng 5. Đa dạng gien của 16 tổ hợp tôm sú đàn con
 Loci AA AT AN AG NN NA NG NT TT TA TN TG GG GA GT GN
P1 0,65 0,66 0,74 0,53 0,63 0,63 0,62 0,59 0,72 0,73 0,3 0,53 0,53 0,11 0,57 0,3
P2 0,59 0,56 0,57 0,32 0,55 0,3 0,34 0,67 0,48 0,12 0,26 0,52 0,64 0,69 0,23 0,16
W2 0,8 0,74 0,75 0,71 0,67 0,61 0,74 0,73 0,72 0,55 0,59 0,52 0,67 0,73 0,78 0,69
W10 0,62 0,74 0,63 0,76 0,72 0,61 0,71 0,48 0,54 0,69 0,66 0,72 0,57 0,59 0,72 0,75
P4 0,30 0,47 0,62 0,47 0,59 0,43 0,5 0,66 0,68 0,63 0,64 0,65 0 0,53 0 0
P5 0,66 0,56 0,73 0,64 0,59 0,51 0,6 0,63 0,57 0,59 0,68 0,56 0,3 0,58 0,5 0,52
P7 0,66 0,48 0,57 0,44 0,48 0,54 0,56 0,40 0,47 0,24 0,43 0,47 0,48 0,53 0,47 0,41
L1 0,59 0,59 0,51 0,54 0,48 0,48 0,46 0,58 0,59 0,32 0,51 0,32 0,34 0,45 0,46 0,3
L3 0,65 0,5 0,63 0,58 0,65 0,55 0,57 0,50 0,60 0,59 0,67 0,56 0 0,56 0,54 0,58
L4 0,16 0,52 0,38 0,51 0,14 0,31 0,61 0,07 0,49 0,69 0,48 0,63 0,3 0,61 0,55 0,62
TB 0,57 0,58 0,62 0,55 0,55 0,49 0,57 0,53 0,59 0,52 0,52 0,55 0,38 0,54 0,48 0,43
nhóm con mẹ của Ấn Độ Dương, Nội Địa và 
Thái Bình Dương cũng nằm trong mức sai 
khác nhỏ < 15%. Tuy nhiên, nhóm phép phối 
thuần của mẹ và bố Gia Hoá thì chỉ số sai 
khác di truyền của nó với các phép phối khác 
khá cao từ 20-33%. Các phép phối còn lại có 
nguồn gốc từ con mẹ Gia Hóa cũng có chỉ số 
sai khác di truyền với các phép phối khác là 
cao >15%.
Trên kết quả khảo sát bằng các mồi 
microsatellite trong nghiên cứu này trên 69 gia 
đình tôm sú đàn con của 16 tổ hợp phối ghép từ 
bốn đàn tôm bố mẹ cho thấy vật liệu di truyền 
của nhóm tôm có nguồn gốc Gia hóa tương đối 
kém đa dạng vật liệu di truyền hơn các nhóm 
khác. Hiện tượng kém đa dạng di truyền có 
nguy cơ xảy ra trong những chương trình chọn 
giống hàng loạt vì xu hướng chọn giống theo 
kiểu hình hay chọn giống theo định hướng ưa 
chuộng của nhà chọn giống dẫn đến vật liệu di 
truyền mất đi tính đa dạng. 
Thông số đa dạng gien của 16 tổ hợp tôm 
sú đàn con cũng giao động trong khoảng 0,55; 
trong đó 4 tổ hợp phối của nhóm mẫu Gia hóa 
có chỉ số đa dạng gien thấp hơn, trung bình 
khoảng 0,45. 
Đa dạng kiểu gien (Genotype diversity)
Số kiểu gien trung bình của bốn nhóm mẫu 
của phép phối mà con mẹ có nguồn gốc Ấn Độ 
Dương có giá trị cao nhất. Ngược lại, giá trị kiểu 
gien trung bình của bốn nhóm mẫu của phép 
phối mà con mẹ có nguồn gốc Gia Hoá có giá 
trị thấp nhất. Đồng thời, các phép phối của con 
mẹ Ấn Độ Dương cũng có nhiều kiểu gien có số 
lượng cá thể mang gien dị hợp tử > 50%.
Sai khác di truyền
Sai khác di truyền của16 tổ hợp tôm sú đàn 
con được liệt kê theo bảng 5. Hầu hết các phép 
phối đều có giá trị khác biệt với nhau, FST của 
các phép phối có cùng mẹ có giá trị sai khác 
di truyền < 15%. Giá trị FST của các phép phối 
12 TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
IV. THẢO LUẬN
4.1 Khảo sát đa dạng di truyền của bốn 
quần thể tôm sú bố mẹ 
Trong nghiên cứu này, chỉ số FIS trung 
bình khoảng 0,353 ±0,19, chỉ số này tương đối 
cao. Chỉ có hai cặp microsatellite P2 và W10 
có chỉ sốFIS ~0,12, hai cặp microsatellite này 
có thể sử dụng cho nghiên cứu sâu hơn. Như 
vậy trong bốn nhóm mẫu tôm bố mẹ khảo sát 
rất cần phải tiến hành chọn lọc phối ghép theo 
phả hệ để giảm thiểu nguy cơ thoái hóa do 
giao phối cận huyết. Ở một số nghiên cứu biến 
dị di truyền, hiện tượng suy giảm đa dạng di 
truyền hay dư thừa của kiểu gien đồng hợp tử 
cũng có thể là kết quả của quần thể bố mẹ tham 
gia sinh sản ban đầu quá thấp (Wolfus và ctv., 
1997; Dunham và ctv., 2000). Vì vậy, công tác 
quản lý con giống rất cần được chú trọng việc 
bổ sung thêm nguồn biến dị di truyền mới vào 
quần thể gốc ban đầu. 
Giá trị đa dạng gien của các quần thể khảo 
sát nằm trong khoảng 0,599 – 0,649. Ở ba 
nhóm mẫu Ấn Độ Dương, Thái Bình Dương 
và Nội địa giá trị này tương đối đều nhau và ở 
mức cao ~ 0,645. Chỉ có nhóm mẫu Gia hóa có 
chỉ số đa dạng gien thấp nhất là 0,599. Thêm 
vào đó, các giá trị này tương đối ít giao động 
trong nội bộ quần thể của các quần thể Ấn Độ 
Dương, Thái Bình Dương và Nội địa ở các cặp 
microsatellite. Trong khi đó, giá trị đa dạng 
gien có sự biến động lớn trong quần thể Gia 
hóa: 0,398 – 0,710.
4.2. Khảo sát đa dạng di truyền của 16 tổ 
hợp tôm sú đàn con 
Nghiên cứu này có điều đáng quan tâm là, 
giá trị đa dạng gien thay đổi tùy thuộc vào sự 
phối ghép con mẹ với con bố có xuất xứ khác 
nhau. Ví dụ, ở các phép phối nội dòng Ấn Độ 
Dương - Ấn Độ Dương (AA) giá trị này đạt 
0,57 nhưng khi phối ngoại dòng có con mẹ Ấn 
Độ Dương với con bố Nội địa (AN) thì chỉ số 
này đạt giá trị cao nhất 0,62. Tuy nhiên nếu, 
con mẹ thuộc nhóm Nội địa phội ghép với con 
bố Ấn Độ Dương (NA) thì giá trị này giảm còn 
0,49. Thêm vào đó, gần như các phép phối của 
tôm mẹ có xuất xứ từ nhóm Gia hóa đều có giá 
trị đa dạng gien là kém nhất. Nhưng nếu sử 
dụng con bố có xuất xứ là tôm Gia hóa phối 
với các nhóm tôm mẹ khác thì giá trị đa dạng 
gien được cải thiện (AG: 0,55; NG: 0,57 và 
TG: 0,55).
Sự khác biệt di truyền này cũng tương đối 
thấp giữa 3 nhóm tôm nội dòng có xuất xứ Ấn 
Độ Dương, Nội Địa và Thái Bình Dương. Ví dụ: 
AA và NN có giá trị FST = 0,0805; AA và TT có 
giá trị FST = 0,0931; NN và TT có giá trị FST = 
0,0695. Tuy nhiên, nhóm phép phối thuần của 
mẹ và bố Gia Hoá thì chỉ số sai khác di truyền 
của nó với các phép phối khác khá cao từ 0,20-
0,33. Ví dụ GG –AA có giá trị FST = 0,3246; 
GG – NN có giá trị FST = 0,2766; GG – TT có 
giá trị FST = 0,2106. Điều đáng quan tâm ở đây 
là, phép phối nội dòng GG hầu như khác biệt 
không có ý nghĩa với các phép phối có con mẹ 
cùng máu G (GG-GA, GG-GT, GG-GN, GA-
GT và GA-GN).
Ngoài ra có một số tổ hợp các phép phối 
có giá trị di truyền khác biệt không có ý nghĩa 
cần tránh trong khi thực hiện chương trình 
chọn giống này như: NN-NA, NN-NG, NT-
TT, TA-GN, NG-GN, TA-GN và TN-GA. 
13TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
B
ản
g 
6.
 Đ
a 
dạ
ng
 k
iể
u 
gi
en
 1
6 
tổ
 h
ợp
 tô
m
 s
ú 
đà
n 
co
n
*:
 M
ức
 ý
 n
gh
ĩa
 s
au
 k
hi
 h
iệ
u 
ch
uẩ
n 
vớ
i B
on
fe
rr
on
i p
 <
 0
,0
00
42
, N
S:
 k
hô
ng
 k
há
c 
bi
ệt
 c
ó 
ý 
ng
hĩ
a.
14 TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
Trên kết quả khảo sát bằng các mồi 
microsatellite trong nghiên cứu này trên 69 gia 
đình tôm sú đàn con của 16 tổ hợp phối ghép từ 
bốn đàn tôm bố mẹ cho thấy vật liệu di truyền 
của nhóm tôm có nguồn gốc Gia hóa tương đối 
kém đa dạng vật liệu di truyền hơn các nhóm 
khác. Kết hợp với kết quả đánh giá kiểu hình thì 
nghiên cứu cho thấy nếu kết hợp tôm sú bố Gia 
hóa với tôm mẹ từ ba nguồn khác như Ấn Độ 
Dương, Thái Bình Dương và Nội địa thì kết quả 
di truyền sẽ được cải thiện.
V. KẾT LUẬN
5.1 Đa dạng di truyền của bốn quần đàn 
tôm sú bố mẹ 
Thông tin đa dạng di truyền tương đối đều 
nhau ở cả bốn nhóm mẫu tôm sú bố mẹ Ấn Độ 
Dương, Thái Bình Dương, Nội địa và Gia hóa. 
Có sự sai khác di truyền của nhóm Gia hóa với 
ba nhóm còn lại, tuy nhiên giá trị này không 
lớn với FST biến động trong giá trị 0,05 và sự 
suy giảm số kiểu gien cũng được tìm thấy trong 
nghiên cứu này. 
5.2 Đa dạng di truyền của 16 tổ hợp tôm 
sú đàn con
Giá trị đa dạng di truyền của nhóm tôm sú 
đàn con được phối ghép từ con mẹ có nguồn 
gốc Gia hóa là thấp nhất và sự sai khác di 
truyền của nhóm tôm này cũng khá cao so với 
các nhóm tôm sú đàn con được phối ghép từ 
ba nhóm tôm mẹ của Ấn Độ Dương, Thái Bình 
Dương và Nội Địa.
LỜI CÁM ƠN
Nhóm thực hiện đề tài xin chân thành cám 
ơn đến Vụ KHCN&MT-Bộ Nông nghiệp và 
Phát triển Nông thôn, Ban lãnh đạo Viện Nghiên 
cứu Nuôi trồng Thủy sản II, Chủ nhiệm đề tài 
và các bạn đồng nghiệp của Trung tâm Quốc gia 
Giống Hải sản Nam Bộ và các thành viên đề tài 
đã tận tình định hướng kịp thời, đóng góp ý kiến 
hữu ích để đề tài có kết quả tốt đẹp.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tài liệu Tiếng Việt
Hồ Huỳnh Thùy Dương, 1997. Sinh học phân tử. Nhà 
xuất bản Giáo Dục.
Nguyễn Thanh Phương, Thạch Thanh và Trương Trọng 
Nghĩa, 1999. Cải thiện và nâng cao hiệu quả sản 
xuất giống tôm sú (Penaeus monodon) trong hệ 
thống lọc sinh học. Trích trong Tuyển tập công 
trình nghiên cứu Khoa Học, Nông Nghiệp phần 
II, trang 185-190.
Nguyễn Thành Tâm, Phạm Thanh Liêm, 2012. So sánh 
sự đa dạng di truyền giữa tôm càng xanh Việt Nam 
và tôm càng xanh Trung Quốc sử dụng phương 
pháp Microsatellite và RAPD.
Tài liệu Tiếng Anh
Brooker, A.L., Benzie, J.A.H., Blair, D., Versini, J.-
J., 2000. Population structure of the giant tiger 
prawn Penaeus monodonin Australian waters, 
determined using microsatellite markers.Mar. 
Biol. 136, 149–157.
Gjedrem, T., 2005. Selection and Breeding Programs 
in Aquaculture, Springer ISBN-10 1-4020-3341-
9.364p.
Hansen, L.P., Windsor, M.L., Youngson, A.F., 1997. 
Interactions between salmon culture and wild 
stocks of Atlantic salmon: The scientific and 
management issues. ICES Journal of Marine 
Science 54, 963–1225
15TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
Hartl, DL, Clark, A.G., 1997. Principles of Population 
Genetics. 3rd ed., Sinauer Associates Inc., 
Sunderland, Massachusets. ISBN: 0-87893-306-
9. 
Jeremy, J., Agresti, S.S., Avner, C., Supawadee, P., Eric, 
M., Hallerman, N.U., Gideon, H., Graham, A.E., 
Gall, B.M., 2000. Breeding new strains of tilapia: 
development of an artificial center of origin and 
linkage map based on AFLP and microsatellite 
loci. Aquaculture 185, 43–56.
Li, Y., Wongprasert, K., Shekhar, M., Ryan, J., Dierens, 
L., Meadows, J., Preston, N. P., Coman, G. J., 
& Lyons, R. E., 2007. Development of two 
microsatellite multiplex systems for black tiger 
shrimp Penaeus monodon and its application 
in genetic diversity study for two populations.
Aquaculture 266, 279–288.
Pan, Y.-W., Chou, H.-H., You, E.-M., Yu, H.-T., 2004. 
Isolation andcharacterization of 23 polymorphic 
microsatellite markers fordiversity and stock 
analysis in tiger shrimp (Penaeus monodon). Mol. 
Ecol. Notes 4, 345–347.
Wuthisuthimethavee, S., Lumubol, P., Vanavichit, 
A., Tragoonrung, S., 2003. Development of 
microsatellite markers in black tigershrimp 
(Penaeus monodonFabricius). Aquaculture 224, 
39–50.
Xu, Z., Dhar, A.K., Wyrzykowski, J., Alcivar-
Warren, A., 1999. Identification of abundant and 
informative microsatellites fromshrimp (Penaeus 
monodon). Anim. Genet. 30, 150–156.
16 TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ 5 - THÁNG 6/2015
VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN 2
1 Department of Experimental Biology, Research Institute for Aquaculture No 2. 
* Email: lienha09@gmail.com 
2 Research Institute for Aquaculture No 2.
assessmenT oF geneTic diVeRsiTY in diFFeRenT FoUndeR and
iniTial PoPUlaTions oF TigeR shRimP (Penaeus monodon)
FoR selecTion PRogRams on gRoWTh RaTe
Bui Thi Lien Ha1*, Tran Nguyen Ai Hang1, Le Thi Hoai Oanh1, Nguyen Van Hao2
ABSTRACT
Assessing genetic diversity in the initial broodstocks of selection program for growth traits of black 
tiger shrimp (Penaeus monodon) conducting by the Research Institute for Aquaculture No. 2 – Ho 
Chi Minh city – Vietnam is to reduce genetic variation loss, to minimize of ignoring competitive 
factors among individuals at actual selective conditions, and to support predicting mating strategy 
in family-based genetic selection programs. 29 polymorphic microsatellite markers specified-
for tiger shrimp (Penaeus monodon) common published were used to examine genetic variation. 
Genetic diversity of 4 different founder broodstocks (Indian Ocean, Pacific Ocean, Vietnamese 
sea and Import Domestication) was evaluated by 15 best microsatellite in term of diversity index 
while their offspring – initial population was evaluated by 10 of those 15 microsatellite.
Keywords: Penaeus monodon, genetic variety, microsatellite, selective breeding program.
Người phản biện: TS. Nguyễn Văn Sáng
Ngày nhận bài: 29/5/2015
Ngày thông qua phản biện: 10/6/2015
Ngày duyệt đăng: 15/6/2015