Hoàn thiện tổ chức kiểm toán hoàn thuế giá trị gia tăng trong kiểm toán ngân sách địa phương

à tiến độ cung cấp các hồ sơ 
theo yêu cầu còn phụ thuộc vào việc phối hợp của 
cơ quan Thuế.
Một số phát hiện qua kiểm toán hoàn thuế giá 
trị gia tăng
Kiểm toán nhà nước Khu vực IX
Cuộc kiểm toán “Chuyên đề hoàn thuế giá trị 
gia tăng” lồng ghép trong kiểm toán ngân sách địa 
phương do Kiểm toán nhà nước Khu vực IX thực 
hiện đã đạt được một số kết quả tích cực: 03 cuộc 
kiểm toán Chuyên đề hoàn thuế giá trị gia tăng tại 
Tiền Giang, Bến Tre, Trà Vinh về cơ bản đã hoàn 
thành mục tiêu, trọng tâm, nội dung kiểm toán đã 
xác định tại Kế hoạch kiểm toán tổng quát và ý kiến 
chỉ đạo của Lãnh đạo Kiểm toán nhà nước. Các 
cuộc kiểm toán đã đạt được một số kết quả kiểm 
toán nhất định: Cả 03 cuộc kiểm toán có kiến nghị 
NGHIÊN CỨU KHOA HỌC KIỂM TOÁN 23Số 144 - tháng 10/2019
nộp ngân sách thuế giá trị gia tăng đã hoàn không 
đúng quy định với tổng số tiền 16.180.350.819 đồng 
và kiến nghị chấn chỉnh công tác quản lý hoàn thuế 
giá trị gia tăng.
Kiểm toán nhà nước chuyên ngành và Kiểm 
toán nhà nước các khu vực
Hoàn thuế giá trị gia tăng cho một số trường 
hợp không đúng đối tượng, không đáp ứng đủ điều 
kiện, hoàn cho những hóa đơn, chứng từ không 
hợp lệ, hoàn cho chi phí vượt định mức theo quy 
định hoặc không phục vụ cho dự án đầu tư hoặc 
cho hoạt động sản xuất kinh doanh; hoàn cho một 
số hồ sơ đề nghị hoàn đối với dự án đầu tư khi chưa 
đủ cơ sở để xác nhận điều kiện hoàn thuế; hoàn 
thuế cho dự án đầu tư chưa góp đủ vốn điều lệ; dự 
án đầu tư đã đi vào hoạt động và phát sinh doanh 
thu; hoàn cho dự án BT không hình thành tài sản 
của nhà đầu tư.
Một số văn bản trả lời của ngành thuế chưa cụ 
thể, chủ yếu trích lại các nội dung tại Nghị định, 
Thông tư đã ban hành nên đã gây khó khăn cho 
Cục Thuế cũng như người nộp thuế trong hoàn 
Thuế giá trị gia tăng. Một số văn bản hướng dẫn 
thực hiện chưa đúng quy định của pháp luật về 
hoàn Thuế giá trị gia tăng như: Thông báo số 6294/
TB-TCT ngày ngày 23/11/2016 thông báo kết quả 
Hội nghị tập huấn và giải đáp một số nội dung tại 
thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 
hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng, quản lý thuế và 
hóa đơn của Tổng cục Thuế và Công văn số 10492/
BTC-TCT ngày 30/7/2015 tăng cường công tác 
quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của Bộ Tài chính.
Tổng cục Thuế ban hành Thông báo số 6294/
TB-TCT ngày 23/11/2016 có nội dung trả lời 
“Trường hợp kỳ đề nghị hoàn vừa chịu sự điều 
chỉnh của Thông tư số 26/2015/TT-BTC, vừa chịu 
sự điều chỉnh của thông tư số 130/2016/TT-BTC 
thì việc xác định số thuế giá trị gia tăng đầu vào của 
hàng hóa dịch vụ xuất khẩu được áp dụng Thông tư 
số 130/2016/TT-BTC” không phù hợp với hiệu lực 
của từng thông tư.
Bộ Tài Chính ban hành Công văn số 10492/
BTC-TCT ngày 30/7/2015 có nội dung tại Điểm 
7 “Doanh nghiệp kinh doanh đối với những hàng 
hóa dịch vụ kinh doanh có điều kiện nhưng không 
đáp ứng được điều kiện kinh doanh theo quy định 
của Luật Doanh nghiệp, Luật Đầu tư” không phù 
hợp với Khoản 7 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 
ngày 19/6/2013 không đề cập đến những hàng 
hóa, dịch vụ kinh doanh có điều kiện và khoản 3 
Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 chỉ đề cập đến “Cơ 
sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia 
tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu 
trừ của dự án đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các 
trường hợp: Kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh 
doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh 
doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không 
bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá 
trình hoạt động”. 
Nhiều cơ chế, chính sách hoàn Thuế giá trị 
gia tăng còn tồn tại, bất cập cần xem xét, chỉnh 
sửa nhằm tạo tính thống nhất trong tổ chức thực 
hiện cũng như tạo sự bình đẳng, công bằng đối 
với người nộp thuế, như: Luật số 106/2016/QH13 
Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế 
giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật 
Quản lý thuế được Quốc hội khóa XIII kỳ họp 
thứ 11 thông qua ngày 06/4/2016, Nghị định số 
100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 quy định chi 
tiết và hướng dẫn Luật sửa đổi, bổ sung một số 
điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu 
thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế của Chính phủ, 
Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 
hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP, Thông 
tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 hướng dẫn 
về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.
Giải pháp hoàn thiện tổ chức kiểm toán hoàn 
thuế giá trị gia tăng trong kiểm toán ngân sách 
địa phương
Hoàn thiện bố trí nhân sự, thời gian và phương 
thức tổ chức Tổ, Đoàn kiểm toán hoàn thuế giá trị 
gia tăng
a. Bố trí nhân sự
- Quan tâm xây dựng và đào tạo đội ngũ Kiểm 
toán viên vững vàng về chính trị, đạo đức, năng lực 
chuyên môn và ý thức trách nhiệm; tăng cường bố 
trí đầy đủ Kiểm toán viên có kinh nghiệm kiểm 
toán hoàn thuế giá trị gia tăng. 
NGHIEÂN CÖÙU TRAO ÑOÅI
NGHIÊN CỨU KHOA HỌC KIỂM TOÁN24 Số 144 - tháng 10/2019
- Trước khi thực hiện khảo sát thu thập thông 
tin, lập kế hoạch kiểm toán, Kiểm toán nhà nước 
cần tổ chức tốt công tác tập huấn nội bộ cho các 
Kiểm toán viên, thành viên tham gia Đoàn kiểm 
toán và thực hiện các nhiệm vụ thẩm định, kiểm 
tra, kiểm soát chất lượng kiểm toán. 
- Tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin 
trong hoạt động kiểm toán; nâng cao năng lực kiểm 
toán viên trong việc khai thác cơ sở dữ liệu của cơ 
quan thuế; đẩy mạnh ứng dụng tin học, khai thác 
sức mạnh của công nghệ thông tin phục vụ tốt cho 
công tác kiểm toán. 
b. Thời gian thực hiện kiểm toán
- Bố trí thời gian khảo sát phù hợp, thỏa đáng, 
đáp ứng được việc thu thập thêm và củng cố thông 
tin trước khi tiến hành thực hiện kiểm toán; lập kế 
hoạch kiểm toán đảm bảo đủ thời gian.
c. Phương thức tổ chức kiểm toán
 Tổ chức riêng biệt một Tổ kiểm toán hoàn thuế 
giá trị gia tăng để kiểm toán cùng Đoàn kiểm toán 
ngân sách địa phương; tăng cường xây dựng mối 
quan hệ phối hợp giữa Kiểm toán nhà nước khu 
vực với các Vụ chức năng và địa phương được 
kiểm toán.
Hoàn thiện kiểm toán hoàn thuế giá trị gia 
tăng trong kiểm toán ngân sách địa phương
a. Giai đoạn khảo sát lập kế hoạch kiểm toán 
tổng quát
- Thông tin, hồ sơ và tài liệu liên quan đến hoạt 
động hoàn thuế giá trị gia tăng cần thu thập
* Hồ sơ, thông tin liên quan tại Cục Thuế: Công 
tác lập và thực hiện dự toán hoàn thuế giá trị gia 
tăng; công tác tổng hợp thông tin và báo cáo của 
Cục Thuế về Tổng Cục Thuế về số lượng hồ sơ hoàn 
thuế và tình hình chi quỹ hoàn thuế; Báo cáo kết 
quả kiểm tra trước hoàn thuế, kiểm tra và thanh 
tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng; Báo cáo công tác 
kiểm tra nội bộ của Cục Thuế về công tác hoàn 
thuế giá trị gia tăng.
* Hồ sơ liên quan đến đối chiếu tại người nộp thuế:
+ Các hồ sơ pháp lý có hiệu lực của người nộp 
thuế: Giấy phép kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu 
tư, các quy chế quản lý tài chính và các văn bản 
khác có liên quan.
+ Hồ sơ về chứng từ, sổ sách kế toán: Tờ khai 
thuế giá trị gia tăng; Bảng kê hoá đơn đầu vào, đầu 
ra (nếu có); Bảng tính tỷ lệ hoàn thuế của người 
nộp thuế; chứng từ đầu vào và đầu ra (Hóa đơn, 
hợp đồng, chứng từ thanh toán, chứng từ chứng 
minh thực tế mua hàng, bán hàng; Tờ khai hải 
quan; Quy định về định mức tiêu hao về tồn trữ, 
vận chuyển, sản xuất hàng tồn kho trong quá trình 
kinh doanh của Doanh nghiệp); Sổ cái tài khoản 
kế toán... 
+ Hồ sơ khác có liên quan đến hoạt động kinh 
doanh: Các văn bản, công văn trả lời từ các cơ quan 
chức năng về hoạt động, chính sách ưu đãi của 
người nộp thuế được hưởng; các biên bản, kết luận 
kiểm tra của các cơ quan chức năng liên quan đến 
ưu đãi, hoàn thuế giá trị gia tăng...
- Phân tích, định hướng tổ chức thực hiện hoạt 
động kiểm toán: Sử dụng phương pháp đối chiếu, 
so sánh để xác định số liệu chi, thu hồi hoàn thuế 
giá trị gia tăng giữa cơ quan Thuế và Kho bạc Nhà 
nước; tổng hợp, phân tích để đánh giá công tác 
tổng hợp số liệu hoàn thuế giá trị gia tăng, đánh giá 
cơ chế chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng. Kiểm 
toán chi tiết: Tính toán, phân tích, đối chiếu (hồ sơ 
chọn mẫu) đánh giá việc xác định đối tượng, điều 
kiện, số thuế giá trị gia tăng được hoàn, việc tuân 
thủ quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng.
b. Giai đoạn thực hiện kiểm toán
 (1). Đánh giá công tác lập và thực hiện dự toán 
hoàn thuế giá trị gia tăng 
- Tài liệu cần thu thập bổ sung: Dự toán hoàn 
thuế giá trị gia tăng năm và các phụ lục Mẫu DT21, 
Mẫu số 01/HT, Mẫu số 01-1/DTHT ban hành kèm 
theo Công văn hướng dẫn xây dựng dự toán thu 
ngân sách và hoàn thuế giá trị gia tăng hằng năm 
của Tổng cục Thuế. 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Đánh giá quy trình 
lập dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng năm tại Cục 
Thuế với Công văn hướng dẫn xây dựng dự toán 
thu ngân sách và hoàn thuế giá trị gia tăng hằng 
năm của Tổng cục Thuế và Khoản 2 Điều 22 và 
NGHIÊN CỨU KHOA HỌC KIỂM TOÁN 25Số 144 - tháng 10/2019
Khoản 1 Điều 23 Thông tư số 99/2016/TT-BTC.
(2). Công tác xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm 
tra hoàn thuế giá trị gia tăng và kết quả thực hiện
 - Tài liệu cần thu thập bổ sung: Kế hoạch kiểm 
tra, thanh tra năm; Kế hoạch kiểm tra, thanh tra 
năm bổ sung; Hồ sơ kiểm tra, thanh tra sau hoàn 
thuế giá trị gia tăng năm (chọn mẫu kiểm toán). 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Kiểm tra và đánh 
giá Cục Thuế có lập Kế hoạch kiểm tra, thanh sau 
hoàn thuế và kế hoạch bổ sung theo quy định; có 
đảm bảo theo đúng thời hạn không; tỷ lệ hồ sơ được 
kiểm tra, thanh tra so với kế hoạch và kế hoạch bổ 
sung; Chọn mẫu kiểm toán đánh giá kết quả và việc 
xử lý vi phạm hồ sơ kiểm tra, thanh tra hoàn thuế 
giá trị gia tăng theo đúng quy định tại các văn bản 
quy phạm pháp luật về thuế hay không?.
(3). Việc ban hành các văn bản chỉ đạo, hướng 
dẫn, trả lời vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng
- Tài liệu cần thu thập bổ sung: Các văn bản chỉ 
đạo, hướng dẫn, trả lời vướng mắc về hoàn thuế giá 
trị gia tăng do Cục Thuế, Tổng Cục Thuế ban hành. 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Đối chiếu, so sánh, 
đánh giá nội dung chỉ đạo, hướng dẫn, trả lời vướng 
mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng của Tổng Cục 
Thuế và Cục Thuế có phù hợp với quy định tại hệ 
thống pháp luật về thuế hiện hành hay không? Tính 
kịp thời của các văn bản chỉ đạo, hướng dẫn, trả lời 
vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng do Tổng 
Cục Thuế và Cục Thuế ban hành theo quy định 
tại Quyết định số 745/QĐ-TCT ngày 20/4/2015, 
Quyết định số 2351/QĐ-TCT ngày 11/12/2015.
(4). Việc tuân thủ quy định hoàn thuế giá trị 
gia tăng 
- Tài liệu cần thu thập bổ sung: Hồ sơ hoàn thuế 
giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm 
tra sau và hồ sơ kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế 
chọn mẫu kiểm toán. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia 
tăng thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau chọn 
mẫu kiểm toán. 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Kiểm toán công tác 
tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo Quy 
trình hoàn thuế của Tổng Cục Thuế; Kiểm toán 
công tác phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng; 
Kiểm toán công tác giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá 
trị gia tăng; Kiểm toán công tác thẩm định pháp 
chế hoàn thuế giá trị gia tăng; Kiểm toán công tác 
ban hành Quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng.
NGHIEÂN CÖÙU TRAO ÑOÅI
NGHIÊN CỨU KHOA HỌC KIỂM TOÁN26 Số 144 - tháng 10/2019
(5). Công tác tổng hợp kết quả giải quyết hồ sơ, 
số tiền hoàn thuế giá trị gia tăng
- Tài liệu cần thu thập: Báo cáo tổng hợp kết 
quả hoàn thuế giá trị gia tăng theo địa bàn năm. 
Báo cáo tổng hợp kết quả hoàn thuế theo nội dung 
năm. Báo cáo tổng hợp kết quả kiểm tra các doanh 
nghiệp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau 
năm. Báo cáo tổng hợp kết quả thanh tra, kiểm tra 
sau hoàn thuế của các doanh nghiệp hoàn thuế giá 
trị gia tăng năm. 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Kiểm tra và đánh 
giá hồ sơ định kỳ hàng tháng, quý, năm Cục Thuế 
tổng hợp số tiền chi, thu hồi hoàn thuế giá trị gia 
tăng; kiểm tra và đánh giá cuối năm ngân sách Cục 
Thuế có thực hiện quyết toán chi hoàn thuế giá trị 
gia tăng với Kho bạc Nhà nước hay không?
(6). Công tác công khai thông tin giải quyết 
hoàn thuế giá trị gia tăng
- Tài liệu cần thu thập bổ sung: Hồ sơ công khai 
thông tin hoàn thuế giá trị gia tăng luân chuyển từ 
phòng Kê khai kế toán thuế đến phòng Tin học. 
- Thủ tục kiểm toán chi tiết: Đánh giá công tác 
công khai thông tin hoàn thuế giá trị gia tăng trên 
Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế có đầy 
đủ về: Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; thời 
điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông 
tin, tài liệu của người nộp thuế; thời điểm ban 
hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế 
giá trị gia tăng của cơ quan thuế; thời điểm Kho 
bạc Nhà nước chi hoàn thuế cho người nộp thuế 
theo hướng dẫn tại Khoản 2 Điều 20 Thông tư số 
99/2016/TT-BTC hay không?
(7). Kiểm tra, đối chiếu đối với người nộp thuế
Cần bổ sung thủ tục kiểm tra, đối chiếu về chính 
sách thuế tại người nộp thuế đối với các nội dung 
sau: Thời điểm ghi nhận nghĩa vụ thuế; cơ sở ghi 
nhận số thuế phát sinh trên từng tài khoản thuế; 
thời hạn kê khai và nộp của từng loại thuế; phương 
thức tính thuế và thuế suất; các ưu đãi về thuế; cách 
thức trình bày và ghi nhận từng khoản thuế vào 
các tài khoản kế toán có liên quan; thu thập các văn 
bản thuế đặc thù liên quan đến lĩnh vực hoạt động 
của người nộp thuế.
c. Giai đoạn lập, phát hành Biên bản và Báo cáo 
kiểm toán
Tổng hợp kết quả kiểm toán theo từng nội dung 
kiểm toán đã thực hiện, nêu bật những sai sót (nếu 
có) của cơ quan Thuế trong từng bước thực hiện 
Quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng. Tổng hợp, lập 
Báo cáo kiểm toán logic, ngắn gọn thể hiện các sai 
sót trọng yếu qua kết quả kiểm toán.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1. Bộ Tài chính (2013), Thông tư số 219/BTC 
ngày 31/12/2014 của Bộ Tài chính Hướng 
dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng 
và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 
18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết 
và hướng dẫn thi hành một số điều Luật 
Thuế giá trị gia tăng; 
2. Báo cáo kiểm toán ngân sách địa phương của 
các tỉnh: Bến Tre (niên độ 2017), Tiền Giang 
(niên độ 2017), Trà Vinh (niên độ 2017); 
3. Chính phủ (2013), Nghị định số 209/2013/
NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ 
quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một 
số điều Luật Thuế giá trị gia tăng; 
4. Đỗ Thị Tuyết (2016), Kiểm toán thuế 
tại cơ quan quản lý và thu thuế http://
tapchicongthuong.vn/bai-v iet/kiem-
toan-thue-tai-co-quan-quan-ly-va-thu-
thue-43751.htm;
5. Luật Kiểm toán nhà nước năm 2015;
6. Lê Quang Thuận (2013), Kinh nghiệm quốc 
tế về phòng, chống gian lận thuế 
tapchitaichinh.vn/Nghien-cuu-dieu-tra/
Kinh-nghiem-quoc-te-ve-phong-chong-gi-
an-lan-thue/34023.tctc;
7. Lê Thị Hòa (2014), Giải pháp chống gian lận 
trong hoàn thuế giá trị gia tăng, Tạp chí Tài 
chính số 6 - 2014; 
8. Quyết định số 519/QĐ-KTNN ngày 
23/3/2018 của Kiểm toán nhà nước về việc 
ban hành Đề cương kiểm toán chuyên đề 
công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng 
năm 2017.