Phân tích sự đa hình cây xoài (Mangifera indica L.) bằng kỹ thuật SSR tại đồng bằng sông Cửu Long

ha Trang 7,50 i-l 0,79 n 6,00 a 29,50 efg 0,54 def 324 hi 562 a 12,9 l 
Keo B Núi 7,40 i-m 1,20 f 5,20 e 27,80 lm 0,45 lmn 324 hi 510 d 18,5 c 
Ghi chú: a, b, c  là phần thống kê có ý nghĩa theo phân tích Ducan 
Đối với primer MiIIHR_i929: sự khuếch đại DNA 
cho sản phẩm đạt 93,3%. Sản phẩm khuếch đại 13 
allele với kích thước phân tử từ 130, 150, 160, 180, 
190, 200, 210, 220, 230, 300, 350, 360, 400 bp. Khi ghi 
nhận cho thấy các xoài cát Hòa Lộc đã bị đột biến do 
biến động khác nhau từ các vị trí kích thước phân tử 
khác nhau 180,190, 200 và 210 bp (Hình 1 B). 
Tương tự các chỉ thị phân tử SSR cho sản phẩm 
đa hình biến động từ 2-13 alen và dựa vào các tần số 
alen này các giống phân biệt khác nhau. 
M 
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 
N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 12/2020 24 
 A B 
Hình 1. A. Sản phẩm PCR của Lang Xoài F4-R4 trên 30 giống xoài khác nhau được tách trên gel 
polyacrylamide nhuộm với nitrat bạc; B. Sản phẩm PCR của MiIIHR_i929 trên 30 giống xoài khác nhau được 
tách trên gel polyacrylamide nhuộm với nitrat bạc 
4. PHÂN NHÓM DI TRUYỀN KIỂU GEN 
Hình 2. Giản đồ phả hệ mối tương quan di truyền 
giữa 30 giống xoài dựa vào chỉ số tương đồng Jaccard 
bằng cách sử dụng marker SSR (UPGMA). (A, B, C 
và D cho thấy có 4 nhóm chính, khi xét hệ số tương 
đồng 0,47-1) 
Kết quả phân nhóm di truyền dựa trên kiểu gen 
cho thấy: ở khoảng cách di truyền khoảng 0,70 các 
giống được chia thành 4 nhóm rất rõ rệt: Nhóm A, B, 
C và D. 
Như vậy, với 31 chỉ thị phân tử 30 giống được 
phân thành 4 nhóm chính trong đó mức độ tương 
quan giữa các giống dao động từ 0,47 – 1,0 cho thấy 
các giống có sự đa dạng về mặt di truyền cao. Có 
mức độ tương đồng giữa các giống là thấp nhất 0,60% 
và một số giống trong nhóm A có mức độ tương 
đồng cao nhất gần 100%. Sự khác biệt về di truyền 
giữa các giống trong nhóm A cao hơn ở các giống 
trong nhóm C, hệ số tương đồng giữa nhóm A và 
nhóm B so với nhóm C là 0,49 và các giống trong 
nhóm B có thể được xem là giống trung gian giữa 
nhóm A và nhóm C. Điều này có nghĩa là nếu như 
đem các giống ở nhóm A và C lai tạo với nhóm B thì 
có thể tạo ra nhiều cá thể có nhiều đặc tính mong 
muốn bởi khoảng cách di truyền càng xa thì khả 
năng cho ưu thế lai càng cao (Bùi Chí Bửu và ctv, 
2003). 
Phân nhóm di truyền dựa vào khả năng kết hợp 
với các mồi, ở khoảng tương đồng 0,47 đến 1 các 
giống được chia thành 4 nhóm chính A , B, C và B: 
Nhóm A có mức tương đồng nằm trong khoảng 
0,00-0,75, bao gồm 17 giống: 1: Hòa Lộc, 2: Hòa Lộc 
Sông Hậu; 3: Hòa Lộc Chợ Mới; 5 Hòa Lộc Tiền 
Giang; 4: Hòa Lộc Vĩnh Long; về mặt di truyền, các 
giống trong nhóm này tương đối giống nhau về di 
truyền. Trong nhóm A chia ra 4 nhóm phụ. 
Nhóm A1: có mức tương đồng nằm trong 
khoảng 0,00-0,75, bao gồm 9 giống: 1: Hòa Lộc, 2: 
Hòa Lộc Sông Hậu; 3: Hòa Lộc Chợ Mới; 5 Hòa Lộc 
Tiền Giang; 4: Hòa Lộc Vĩnh Long. Về mặt di truyền, 
các giống trong nhóm này tương đối giống nhau về 
di truyền. Đây là nhóm giống xoài cát Hòa Lộc. Các 
giống trong nhóm này có các alen thể hiện liên kết 
với mồi MiIIHR_l595; MiMRD_z359; Lang xoai F4-R4 
thể hiện sản phẩm khuếch đại ở kích thước 130-400 
bp. 
Nhóm A2: Bao gồm 5 giống xoài Đài Loan. 
Nhóm A3: Chỉ có 1 giống xoài Tượng thu tại 
Vĩnh Long trên chỉ thị MiIIHR_i929. 
Nhóm A4: bao gồm xoài Philippine, xoài Thái 
xanh và xoài Nha Trang. 
Nhóm B được chia thành hai nhóm B1 và B2 ở 
hệ số tương đồng 0,80. 
Nhóm B1 có 4 giống Thanh Ca, Úc 1 (Cần Thơ) 
và Úc 2 (thu tại An Giang), Ấn Độ, đối với 
MiMRD_z658) thể hiện sản phẩm khuếch đại ở kích 
 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 
M 
M M 
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 
N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 12/2020 25 
thước 170-200 bp), MRD_z414 (thể hiện sản phẩm 
khuếch đại ở kích thước 170- 220 bp). 
Nhóm B2 bao gồm các giống: gồm 1 giống xoài 
Thái Lan thể hiện sản phẩm khuếch đại ở kích thước 
MiIIHR_i929: Sản phẩm khuếch đại 13 allele với kích 
thước phân tử từ 130- 400 bp. Vị trí phân biệt được 
alen của B2 nằm vị trí 130 bp. 
Nhóm C: Chia ra hai nhóm: 
Nhóm C1: Có 4 giống Cát Chu. Nhóm này hầu 
hết đa hình trên chỉ thị MiIIHR_i929 (với 13 alen với 
kích thước phân tử từ 130, 150, 160, 180,190, 200, 210, 
220, 230, 300, 350, 360, 400 bp). Tuy nhiên với nhóm 
xoài Cát Chu nằm vị trí alen với kích thước phân tử là 
220, 230, 300, 350, 360, 400bp; MiMRD_z359 với chỉ 
thị phân tử 200-400 bp theo thứ tự. 
Nhóm C2: Có 1 giống Keo xanh thể hiện trên 
phân tử MiIIHR_i929, với alen từ 130 - 220 bp. 
Nhóm D: Có hai giống: Xoài Voi và xoài mủ. 
Nhóm này hầu hết đa hình trên chỉ thị 
MiMRD_m660 với chỉ thị phân tử RM 250- 290 bp và 
LangXoai2 F3-R3 với kích thước phân tử 190-230 bp. 
5. THẢO LUẬN 
Việc xác định thay đổi chỉ dựa trên kiểu hình 
đặc điểm là không chính xác do ảnh hưởng của môi 
trường và số giới hạn của các đặc điểm của các 
giống. Điều này phù hợp với Hameedunnisa và ctv, 
2014. Các kiểu gen được sử dụng trong nghiên cứu 
này cho thấy mức độ cao của dị hợp tử quan sát khác 
nhau, từ 0,07 đến 0,56. Đặc biệt phân biệt được dị 
hợp tử trên xoài cát Hòa Lộc trên 5 vùng khác nhau. 
Trong số 31 chỉ thị phân tử SSR, với 30 giống xoài 
(Hình 3) hiển thị các vạch băng của các cây một 
cách đồng nhất. Các chỉ thị phân tử SSR có tổng số 
130 alen thể hiện tính đa hình. Trung bình số đoạn 
DNA được khuếch đại bằng marker SSR trong 
nghiên cứu này là dao động từ 2 đến 13 alen (kích 
thước từ 130-400 bp). Với 31 chỉ thị có một sự biến 
đổi cao của các đoạn DNA được tạo ra từ marker 
SSR có thể là do sự khác biệt trong vị trí gắn trên 
toàn bộ các alen của các giống xoài khác nhau. Tính 
hiệu quả của các chỉ thị phân tử sử dụng trong SSR 
là xác định được số lượng bằng cách ước đoán dựa 
vào sự khác biệt của các thông số di truyền (Bảng 
1). Số lượng alen trên mỗi locus dao động từ 2 tại 3 
của locus (MiKVR_a394, MiKVR_b283) đến 7 tại 1 
của locus (MiMRD_z359), 9 alen (Lang Xoai F-R) và 
13 locus (MiIIHR_i929) với giá trị trung bình là 4,1 
alen (Bảng 1). Với 130 vị trí có thể được phân biệt và 
phân loại thành 30 kiểu gen đã tìm ra đa dạng di 
truyền phân tử dựa vào chỉ số Shannon trên từng chỉ 
thị phân tử trung bình là 5,789 với giá trị dao động từ 
10,91-11,35 cho thấy đa dạng di truyền rộng. Khi so 
sánh các giá trị PIC, đa dạng di truyền (Hep) là dạng 
đa dạng có thể xác định của bốn nhóm giống, (0,504 
và 0,337). Các giá trị này tương tự phân tích của 
Sagar S. và ctv, 2007) biểu hiện tính hiệu quả của 
thông tin loci SSR trong nghiên cứu này cũng ghi 
nhận sự đa hình cao trên chỉ thị phân tử như 
MiMRD_z359. Trong nghiên cứu này, Hep (chỉ số 
đa dạng di truyền) cho thấy sự đồng nhất đáng chú 
ý trên từng chỉ thị phân tử và dao động từ 0,72% 
(MiIIHR_i929). Hơn nữa, Hep cho thấy mối liên hệ 
tích cực và có ý nghĩa (r = 0,997, P < 0,001) với ảnh 
hưởng alen/locus (10,91-11,35). Thông số của chỉ thị 
phân tử đã được tính toán để phát hiện các đặc tính 
của từng cá thể bằng chỉ thị phân tử riêng biệt để 
xác định các locus đa hình trên các loại giống xoài 
khác nhau. Băng hình điện di được phân tích bằng 
phương pháp UPGMA (Hình 2) cho thấy quá trình 
phân nhóm kiểu gene thành 4 nhóm chính. Có một 
mối liên hệ chặt chẽ giữa các kiểu gene đã được ghi 
nhận. Mối tương quan di truyền như thế là rất có ý 
nghĩa, nó cung cấp cho các vật liệu tốt cho nghiên 
cứu cho chương trình lai giống xoài sau này. Bên 
cạnh đó, sự hiểu biết về sự đa dạng của nguồn gen 
của các giống để khai thác dị hợp tử bằng phân tích 
đa dạng. Ngoài ra việc phát hiện trong các nguồn 
gen cũng có thể ngăn chặn các giống lai có sự trùng 
lặp các alen, tránh nhầm lẫn trong di truyền mà có 
thể được gây ra cận giao khi lai. 
6. KẾT LUẬN 
 Phân tích kiểu hình của 30 cây xoài dựa vào 
năng suất và hình thái đã phân biệt được các giống 
xoài khác nhau. Tuy nhiên sự biến động của các 
giống rất lớn. Điều này còn tùy thuộc vào giống, môi 
trường, tuổi của cây trồng. 
Phân tích trên chỉ thị phân tử của SSR: trong 
tổng số 66 primers tiến hành nghiên cứu đa dạng di 
truyền thì chỉ có 31 chỉ thị phân tử cho sản phẩm 
khuếch đại trên 30 giống xoài. Trung bình số đoạn 
DNA được khuếch đại bằng marker SSR trong 
nghiên cứu này là dao động từ 2 đến 13 alen (kích 
thước phân tử biến động từ 130-400 bp). 
Thông qua các dữ liệu chỉ thị phân tử SSR với 31 
chỉ thị phân tử được sử dụng, 30 giống được phân 
thành 4 nhóm chính. 
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 
N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 12/2020 26 
Bản đồ phân nhóm dựa phương pháp chỉ thị 
phân tử cũng được thiết lập với bốn nhóm khác nhau. 
Trong đó đáng chú ý có bốn chỉ thị MiIIHR_i929; 
MiKVR_m056, Lang Xoai F4-R4 và LangXoaiF2-R2. 
Có thể phân biệt độ thuần của các giống xoài khác 
nhau. 
Chỉ số đa dạng của cây xoài phân tích theo 
phương pháp SSR cao (H = 0,315). Các kết quả được 
trình bày ở đây là những bước đầu tiên hướng tới một 
hiểu biết tốt hơn về các giống cây xoài tại ĐBSCL và 
có thể phục vụ cho các nghiên cứu lai tạo loại cây 
này trong tương lai. 
LỜI CẢM ƠN 
Tác giả chân thành cảm ơn Sở Khoa học và 
Công nghệ Cần Thơ đã cấp kinh phí để thực hiện đề 
tài này. 
TÀI LIỆU THAM KHẢO 
1. Bùi Chí Bửu, Phạm Thị Thu Hà, Đòn Văn 
Hòn, Bùi Phước Tâm, Châu Thanh Nhã, Nguyễn Thị 
Lang, 2013. Nghiên cứu biến động di truyền tính 
chịu nóng trên quần thể hồi giao cây lúa (Oryza 
sativa L.). Tạp chí Nông nghiệp và PTNT, số 2/2013 
trang 10-15. 
2. Bui Chi Buu, Nguyen Thi Lang, 2003. 
Application of molecular marker to rice breeding in 
mekong delta Vietnam. Agriculture rural 
development. 
3. Hameedunnisa Begum, Medagam Thirupathi 
Reddy, Surapaneni Malathi, Boreddy Purushotham 
Reddy, Gonela, Narshimulu, Javaregowda Nagaraju 
and Ebrahimali Abubaker Siddiq, 2014. 
Morphological and Microsatellite Analysis of 
Intravarietal Variability in 'Cherukurasam' Cultivar of 
Mango (Mangifera indica L.). 2014. Jordan Journal of 
Agricultural Sciences. Volume 10, No.3 2014. 
4. Kundapura V Ravishankar; M R DINESH, P. 
Nischita, B. S. Sandya, 2015. Development and 
characterization of microsatellite markers in mango 
(Mangifera indica) using next-generation sequencing 
technology and their transferability across species. 
Molecular Breeding 35(3).DOI: 10.1007/s11032-015-
0289-2. 
5. Masroor HM, Anjum MA, Hussain S., Ejaz S., 
Ahmad S., Ercisli S., Zia-Ul-Haq M. Zinc improves 
yields and the quality of the mango is cultivated in 
the limestone soil. Erwerbs-Obstbau, 2016; 58:49 
Bóng55. DOI: 10.1007/s10341-015-0258-2. [CrossRef] 
[Google scholar. 
6. Munir T., Perkins M., Kaing E., Strack M., 
2015. Carbon dioxide and the main production of a 
bog treed boreal: Reaction to warming and 
simulation lowering the water level of climate 
change. Biochemistry. 2015; 12:1091 from 1111. DOI: 
10.5194/BG-12-1091-2015. [CrossRef] [Google 
scholar]. 
7. Mukherjee, S. K., 1950. Mango: its 
allopolyploid nature. Nature, 166: 196– 7. 
8. Mukherjee, S. K., 1951. Origin of Mango. 
Indian J. Genet. Pl. Breed., 11:49–56. 
9. Mukherjee, S. K., 1957. Cytology of some 
Malayan Species of Mangifera. Cytologia, 22: 239–41. 
10. Martynov SP, Dobrotvorskaya TV, Dotlacil L, 
Stehno Z, Faberova I, Bares I., 2003. Genealogical 
approach to the formation of the winter wheat core 
collection. Russian J Genet 2003; 39: 917-923. 
11. Nguyễn Thị Lang, 2002. Những phương pháp 
cơ bản trong công nghệ sinh học. Nhà xuất bản 
Nông nghiệp. 
12. Nguyen Thi Lang, Bui Phuoc Tam, Nguyen 
Van Hieu, Chau Thanh Nha, Abdelbagi Ismail, 
Russell Reinke and Bui Chi Buu, 2014. Evaluation of 
rice landraces in Vietnam using SSR markers and 
morphological characters. Sabrao Journal of 
Breeding and Genetics, 46(1) p1-20. 
13. Nguyễn Thị Lang, 2009. Ứng dụng chỉ thị 
phân tử PCR trong chọn dòng thuần cây xoài cát 
sông Hậu. Báo cáo tổng kết đề tài cấp TP. Cần Thơ. 
14. IPGRI, 2006. Descriptors for mango 
(Mangifera indica L). International Plant Genetic. 
Resources Institute, Rome, Italy. 
15. Roy, B. and S. S. Visweswariya, 1951. 
Cytogenetics of Mango and Banana. 
16. Rohlf, F. J., 2000. NTSYS-pc: Numerical 
taxonomy and multivariate analysis system, version 
2.1 Exeter Software, Setauket, New York, USA. 
17. Sagar S. Pandit, Sirsha Mitra, Ashok P. Giri, 
Keshav H. Pujari, Bhimarao P. Patil, Narayan D. 
Jambhale and Vidya S. Gupta., 2007. Genetic 
diversity analysis of mango cultivars using inter 
KHOA HỌC CÔNG NGHỆ 
N«ng nghiÖp vµ ph¸t triÓn n«ng th«n - KỲ 2 - TH¸NG 12/2020 27 
simple sequence repeat markers. CURRENT 
SCIENCE, VOL. 93, NO. 8, 25 OCTOBER 2007. 
Sagar S. Pandit, Sirsha Mitra, Ashok P. Giri, Keshav 
H. Pujari, Bhimarao P. Patil, Narayan D. Jambhale 
and Vidya S. Gupta1.2014. Genetic diversity analysis 
of mango cultivars using inter simple sequence 
repeat markers. 
https://www.researchgate.net/publication/22869482
2. 
18. UNCTAD. Mango, 2016. An Infocomm 
commodity record. United Nations; New York, NY, 
United States: Geneva, Switzerland. 2016. Ward 21. 
[Google scholar). Weir BS. Genetic data analysis II: 
Methods for discrete population genetic data. 
Sinauer Publishers, Sunderland, MA, USA; 1996. 
Nguồn 
https://www.ibm.com/support/pages/downloading-
ibm-spss-statistics-20. 
GENETIC DIVERSITY STUDIES MANGO (Mangifera indica L.) BY SIMPLE SEQUENCE 
REPEAT MARKERS (SSR) 
Nguyen Thi Lang1, Nguyen Thi Khanh Tran1, 
Bui Chi Cong1, Bui Chi Hieu1, Bui Chi Buu1 
1 High Agricultural Technology Research Institute for Mekong delta 
Summary 
SSR markers researh for have been used to genetic distinctiveness among 30 mango varieties. Out of the 66 
primers for SSR 31 primers reproducte a total 1,178 bands of which 130 alen were polymorphic. The 
average number of fragment amplified by SSR marker across the mango have been 130-400 bp. SSR 
markers across that from 90-100% polymorphism. Information contents: PIC (0.17 to 0.85), genetice 
diversity H (= 0.351) and allele/locus - AEP (10.91-11.35 Shannon I (5,312). Band analysied by UPMGA 
(Unweighted pair group method with arithmetic Mean) showed four major clusters and close relatedress 
amond 30 varieties. This is maybe significant for designing breeding program towards. Some markers good 
for efficient breeding such as MiIIHR_i929; MiKVR_m056, Lang Xoai F4-R4 and LangXoaiF2-R2. The 
analysis of the population structure of the individuals also showed four subpopulations, which supported the 
generated dendrogram. The findings of this study facilitate improved conservation management of the 
germplasm and help to find strategies for future breeding activities. 
Keywords: Multi-image analysis, SSR markers, mango varieties, primer, genetic parameters. 
Người phản biện: GS.TS. Ngô Xuân Bình 
Ngày nhận bài: 31/7/2020 
Ngày thông qua phản biện: 31/8/2020 
Ngày duyệt đăng: 7/9/2020